Bei dem Logo für die  13. Vollversammlung der KEK liegt die Betonung auf dem Schiff, das seit langem ein Symbol der ökumenischen Bewegung und damit Ausdruck der Kontinuität ist, wie es sich für den 50. Geburtstag der KEK im Jahre  2009 gebührt. Gleichzeitig steht es stellvertretend für das Thema unserer bevorstehenden  Vollversammlung in Lyon, “Zur einen  Hoffnung in Christus berufen”. Das Schiff mit dem Kreuz am Mast treibt unter dem Sternenhimmel  Europas über das Meer. Seine Bewegung ist auf eine neue und gemeinsame Hoffnung auf die Zukunft der europäischen Kirchen  in Christus ausgerichtet.

Die Sterne verweisen nicht nur auf den Sternenhimmel der europäischen Fahne, sondern verbinden sich auch mit den Farben des Logos, nämlich blau, weiss und rot (wie die französische Fahne), und symbolisieren so den Tagungsort für unsere Vollversammlung in  Lyon, Frankreich, der Lichterstadt. Dabei wurden bewusst sieben Sterne gewählt, als Bezug auf Offenbarung 1.

Schliesslich steht das Logo auch stellvertretend für eines der wichtigsten Ereignisse auf der Vollversammlung, nämlich der Zusammenführung von KEK und  CCME  - das jetzige Logo der KEK ist rot, und das von  CCME  blau (mit Sternen über dem Schff).

Das Logo wurde von der dänischen Design-Firma  designWerk geschaffen und vom Medienzentrum der dänischen Kirche erstellt, einer ökumenischen Organisation, die auf kirchliche Kmmunikationsarbeit spezialisert ist.